Được thành lập nǎm 1926

5
12
20
5

26
1
1
1
1

Các phòng ban
       Hệ thống tổ chức của Viện gồm

- Ban giám đốc Viện
- Hội đồng khoa học Viện
- Hội y học dự phòng Việt Nam
- Khối các khoa chuyên môn & các phòng thí nghiệm
- Khối sản xuất thử nghiệm
- Khu chǎn nuôi động vật thí nghiệm
- Khối hành chính
- Các chương trình Quốc gia về y tế

- Phòng thí nghiệm virut đường ruột
- Phòng thí nghiệm virut Dengue
- Phòng thí nghiệm virut viêm gan
- Phòng thí nghiệm virut viêm não Nhật Bản
- Phòng thí nghiệm virut hô hấp
- Phòng thí nghiệm virut sởi
- Phòng thí nghiệm Chlamydia
- Phòng thí nghiệm HIV
- Phòng thí nghiệm hóa sinh virut
- Phòng thí nghiệm hiển vi điện tử
Khoa vi khuẩn
- Phòng thí nghiệm vi khuẩn đường ruột
- Phòng thí nghiệm vi khuẩn hô hấp & kháng sinh đồ
- Phòng thí nghiệm sinh học phân tử
- Phòng thí nghiệm dịch hạch và não mô cầu
- Phòng thí nghiệm Mycobacteria
- Phòng thí nghiệm miễn dịch học
- Phòng thí nghiệm vi khuẩn chung
- Phòng thí nghiệm môi trường vi khuẩn

Khoa dịch tễ
- Tổ dịch tễ chuyên đề đường tiêu hóa
- Tổ dịch tễ chuyên đề đường hô hấp
- Tổ dịch tễ chuyên đề virut arbo
- Tổ dịch tễ chuyên đề bệnh do súc vật lây sang người
- Tổ tiêm chủng
Khoa động vật và côn trùng y học
- Phòng thí nghiệm động vật
- Phòng thí nghiệm ngoại ký sinh y học
- Phòng thí nghiệm côn trùng y học
- Phòng thí nghiệm hóa diệt
Khối sản xuất thử nghiệm
- Vacxin viêm não Nhật Bản
- Vacxin viêm gan B
- Vacxin dại
- Vacxin tả uống.

Khu chǎn nuôi động vật thí nghiệm
Khối hành chính
- Phòng quản lý khoa học và đào tạo
- Phòng chỉ đạo tuyến
- Phòng hành chính quản trị
- Phòng kế hoạch vật tư
- Phòng tổ chức cán bộ
- Phòng tài chính kế toán
- Kho trung tâm.
Các chương trình quốc gia về y tế
- Chương trình quốc gia về Tiêm chủng Mở rộng
- Chương trình quốc gia về phòng chống các bệnh tiêu chảy

Chức nǎng:
Viện nghiên cứu khoa học về vi sinh vật y học - miễn dịch và dịch tễ học, thực hiện các nhiệm vụ chiến lược của ngành y tế về y học dự phòng Việt Nam

- Nghiên cứu vê virus học, vi khuẩn và miễn dịch học, dịch tễ học..., chú trọng các chương trình y tế quốc gia, các chương trình khoa học công nghệ nhà nước. Nghiên cứu nhằm khống chế, thanh toán các bệnh truyền nhiễm, các bệnh đã giảm thiểu nhưng có xu hướng quay trở lại, các bệnh phát sinh từ những điều kiện môi sinh - kinh tế - xã hội bất cập.
- Hợp tác quốc tế về nghiên cứu khoa học, cập nhật về tiến bộ khoa học công nghệ y học dự phòng. Hợp tác nghiên cứu về các bệnh dịch phổ biến và những bệnh mới phát sinh, nắm bắt kịp thời sự thay đổi cơ cấu bệnh tật trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
- Nghiên cứu và hợp tác nghiên cứu phát triển việc sản xuất / thử nghiệm các loại vacxin, các chế phẩm sinh học nhằm dự phòng và chẩn đoán nhanh một số bệnh truyền nhiễm có nguy cơ cao, đặng bảo vệ và tǎng cường sức khỏe cho dân.
- Đào tạo và đào tạo lại cán bộ theo các chuyên khoa về y học dự phòng (đại học, sau đại học, cán bộ kỹ thuật lành nghề...), xuất bản các công trình khoa học, biên soạn, in ấn các giáo trình, sách chuyên khảo, cập nhật các tiến bộ khoa học công nghệ trong đào tạo, sẵn sàng thực hiện việc chuyển giao công nghệ và kỹ thuật mới.
- Xây dựng hoàn thiện các cơ quan chức nǎng hệ y học dự phòng, đặc biệt là tuyến tỉnh/thành phố, huyện... về kiến thức chuyên môn, về quản lý, về kỹ nǎng công tác, về trang thiết bị... đủ mạnh để các cơ quan này hoạt động có hiệu quả, hoàn thành tốt được nhiệm vụ theo quy định, ưu tiên đặc biệt các vùng sâu, vùng xa, biên giới hải đảo, vùng núi cao, vùng dân tộc ít người.